妇产科

假性肥大型肌营养不良症的遗传学分析及产前诊断

  • 2019-04-29 20:52:50
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文章内容

选自:中华妇产科杂志 2019 年 4 月第 54 卷第 4 期

作者:赵炜 姜楠 李朔 李加山 苗艳 梁思颖 俞冬熠 

青岛市妇女儿童医院基因检测中心 266034

通信作者:俞冬熠,Email:vivid21@sina.com


目的

探讨假性肥大型肌营养不良症先证者和携带者的基因突变特点及产前诊断特点。


方法

收集 2011 年 6 月至 2018 年 10 月在青岛市妇女儿童医院就诊的 104 个家系的 94 例假性肥 大型肌营养不良症先证者及 121 例女性亲属,采用多重连接探针扩增(MLPA)技术检测 DMD 基因,并 对其中 23 例高风险孕妇进行产前诊断。对单个 DMD 基因外显子缺失者采用 PCR 技术验证,对整个DMD 基因缺失者行染色体微阵列分析以明确染色体片段拷贝数变异及断裂位点。


结果

在94例临床诊断为假性肥大型肌营养不良症的先证者中,共发现 DMD 基因外显子缺失突变 56 例,重复突变 10 例, 检出率为 70.2%(66/94)。检测女性亲属 121 例,确诊 DMD 基因突变携带者 48 例,检出率为 39.7%(48/121)。 除 4 位母亲拒绝检测外,余 62 例已明确基因突变的先证者的母亲,共检出 40 例为相应突变携带者,母亲基因突变携带率为 64.5%(40/62)。23 例胎儿行产前诊断,确诊假性肥大型肌营养不良症男性患儿5 例,女性携带胎儿 5 例。2 例 DMD 基因缺失先证者在 Xp21 分别有 6.66 Mb 和 10.64 Mb 片段缺失。


结论

MLPA 技术是检测 DMD 基因外显子缺失或重复突变的重要手段。确诊先证者、早期检出携带 者并进行有效的产前诊断,是目前减少假性肥大型肌营养不良症发生的重要措施。


讨论


DMD 基因突变的特点


     DMD 基因为人类最大的基因之一,人类孟德 尔遗传在线数据库(OMIM)中编号为 300377,其位 于Xp21.1~p21.2(31119218~33339608),全长2 220 391 bp,含 79 个外显子和 7 个启动子。DMD基因的结构复杂,突变频率高且类型多样,最常见 的突变类型为外显子缺失突变(占 55%~65%),其 次为外显子重复突变(占 5~10%),其他微小突变 占 25%~30%[4]。

     本研究中,采用MLPA技术检测到DMD基因 外显子缺失患者占 59.6%(56/94),外显子重复患者 占 10.6%(10/94),与之前文献的报道[5⁃6]一致;其中 缺失集中于外显子 45~54,该热点区域与之前多 篇文献的报道[6⁃7]一致。本研究所发现的缺失分布 于整个 DMD 基因,包括启动子区,也有保守的 3 ′ 末 端。在基因缺失的热点区域外显子 45~54 之间, 占全部缺失的 44.6%,提示 DMD 基因突变主要以小 片段缺失为主。缺失热点区域的存在可能是由DMD 基因内含子的结构决定的,内含子中的许多 重复序列决定了其存在多个断裂位点。本研究检 出 DMD 外显子重复突变者 10 例,主要分布于外显 子 2~30 区域,不同于文献报道的重复突变热点区 域在外显子 3~11 和 21~37 区域[8],可能与本研究 的样本量较少有关。外显子 2~7 为最常见的重复 片段,与内含子 2 存在 2 个断裂热点有关。DMD 基因 外显子重复突变的发生,可能通过姊妹染色体的非 等位同源重组(non⁃allelic homologous recombination ,NAHR)机制所致[9],这还需要进一步研究。

     根据 Monaco 等[10]提出的“开放阅读框规则”,DMD 基因突变若导致其 mRNA 编码阅读框中断, 进而使抗肌萎缩蛋白的结构域遭到严重破坏,产生截短且无功能的抗肌萎缩蛋白,患者多表现为症状 较重的杜兴型肌营养不良症;若突变的发生不影响mRNA 编码阅读框,则抗肌萎缩蛋白仍有部分表达 或仍保存部分功能,则导致临床表型较轻的贝克型 肌营养不良症。临床表型的严重程度并不取决于 突变片段的大小,在已收录的 DMD 基因突变数据 库中,约 91% 的 DMD 基因突变与表型之间的关系 符合这一规则[11]。本研究中,62 例(93.9%)假性肥 大型肌营养不良症患者的表型与该规则相符,余 4 例DMD 患者不符。对于不符合该规则的患者,可能 是由于 DMD 基因突变位于抗肌萎缩蛋白结构域中 的重要区域(如半胱氨酸富集区),也有可能是影响 到剪切位点,造成 RNA 水平的“框外突变”,已有相 关实验证实了此类现象的发生[12]。对于不符合开 放阅读框规则者,有待在 RNA 及蛋白质水平上进 一步研究。



明确诊断女性携带者的重要意义


    假性肥大型肌营养不良症先证者的女性家系 成员是否为致病基因携带者,对疾病在家族中的再 发风险有重大影响,因此,对女性携带者的诊断是 临床遗传咨询中的重点。本研究采集假性肥大型 肌营养不良症先证者的母亲的血样同时进行检测, 除4例先证者的母亲拒绝检测外,余62例先证者的 母亲中,有相应外显子拷贝数变异者为 40 例,携带 率为 64.5%;而另外 35.5% 先证者的母亲并不是突 变携带者,这些先证者的 DMD 基因突变可能为新 生突变。由于 DMD 基因巨大,拥有外显子的数量 较多,存在高度重复结构,在卵母细胞有丝分裂和 减数分裂过程均容易发生错误,因此 DMD 基因具 有较高的新生突变率。据报道,大约有 2/3 的假性 肥大型肌营养不良症先证者的母亲为携带者,约1/3 为新生突变,表现为散发病例[13],与本研究的结 果相似。

     另有报道认为,生殖腺嵌合也是导致 DMD 新 生突变的原因之一[14]。生殖腺嵌合是指女性生殖 细胞在有丝分裂的过程中发生突变,只有部分卵母 细胞中携带突变的 X 染色体,再次妊娠生育患病男 性子代的概率取决于突变细胞的比例。有研究应用荧光原位杂交技术及测序技术都诊断出了 DMD基因缺失的体细胞嵌合体[15⁃16]。因此,对新发突变 的家系进行遗传咨询时,须考虑生殖腺嵌合的可 能,对有假性肥大型肌营养不良症先证者的家系均 应视为高风险家系,无论孕妇是否为携带者或存在 携带突变基因的嵌合体,均建议进行产前诊断。本研究中,有 5 例非携带者孕妇行产前诊断,胎儿均未检出 DMD 基因致病突变,但也不能完全排除生殖 腺嵌合的存在。



MLPA 技术是目前检测 DMD 基因外显子缺失

和(或)重复突变经济有效的方法


     目前,国内常用的检测 DMD 基因突变的技术 有:多重 PCR 技术,MLPA 技术及高通量测序(即新 一 代 测 序 ;next -generation sequencing,NGS)技 术 等。多重 PCR 技术是过去近 20 年公认的 DMD 基 因检测方法,能够检测到覆盖 DMD 基因 18 个突变 热点外显子的缺失突变,但无法检测全部 79 个外 显子,也不能检测重复突变及杂合状态。MLPA 技 术是荷兰学者Schouten等[17]于2002年建立的1种 在单一反应管内可同时检测多达 40 个不同核苷酸 序列拷贝数变化(检测 DMD 基因的 MLPA 试剂盒P034和P035各有49个和48个探针,除检测79个 外显子外还有在 X 染色体的内参照探针)的检测方 法,操作简单,检测所需的核酸量少。其原理是,依 据目的基因的保守序列设计 1 对探针,只有这对探 针与待检测 DNA 互补并连接后,才能进行 PCR 扩 增并收集相应探针的扩增信号峰,如果靶序列缺 失、点突变、拷贝数改变,则相应探针的扩增信号峰 就会缺失、降低或增加,根据峰值与正常对照的比 值,可判断靶序列是否存在相应基因片段的缺失或 拷贝数的改变。MLPA 技术不仅能够检测 1~79 外 显子的缺失和(或)重复,且可检测杂合状态,能够 诊断携带者。DMD 基因突变以外显子缺失和(或) 重复多见,本研究中 70.2% 的假性肥大型肌营养不 良症先证者存在外显子的缺失或重复,使用 MLPA技术经济有效。此外,对于先证者已经去世,无法 进行明确的基因诊断,而其女性家系成员有生育意 愿,本研究应用 MLPA 技术确诊了 5 例女性致病突 变携带者,为其以后再次妊娠时行产前诊断提供了 依据。

      MLPA 技术也存在其局限性,DMD 基因的微小 突变占 25%~30%,包括点突变,微小缺失或插入 突变,MLPA 技术对微小突变的检测效率较低。2011年,Lim等[18]建立NGS平台并应用于假性肥 大 型肌营养不良症患者的基因测序,证实了其的可 行性。目前,国内实验室对于微小突变的检测多用NGS[19],原理为先用靶向富集技术捕获基因组的外 显子区域,再通过 NGS 测序获得编码区序列,进而 发现基因的变异,该方法的成本较一代测序低。本 研究中,MLPA 技术未检测出突变的 28 例假性肥大型肌营养不良症先证者中,有 2 例在外院行 NGS 测 序,检出致病性突变。应用 NGS 技术检测 DMD 基 因的微小突变,可提高 DMD 基因突变的检出率。 因此,MLPA 技术作为 1 种高通量的检测技术,可作 为假性肥大型肌营养不良症患者初步筛查外显子 缺失和(或)重复的 1 种方法[20],对于 MLPA 检测阴 性者,需进一步行 DMD 基因的测序以提高检出率。



CMA 检测在染色体片段拷贝数变异

诊断中的应用价值


    CMA 通过对全基因组的覆盖性检测,不仅能 检出染色体非整倍体异常或片段的缺失、重复,还 能够明确断裂位点及拷贝数变化,其分辨率最小可 检测至 200 bp。本研究中,有 2 例男性患儿分别在 出生后 1、3 d。通过 MLPA 技术检测后发现,DMD基因外显子 1~79 均缺失,DMD 基因全长约 2.2 Mb,提示其在 X 染色体上缺失的范围可能更大,可 能存在 X 染色体结构异常或拷贝数变异,因此对其 进行了 CMA 检测;结果提示,这 2 例患儿分别存在Xp21.3p11.4 区段 10.64 Mb 片段缺失和 Xp21.3p21.1区段 6.66 Mb 片段缺失。这 2 例患儿除 DMD 基因 缺失外,邻近的 IL1RAPL1、NR0B1、GK 等基因都有 缺失,而这些基因的缺失又会导致 X 连锁精神发育 迟滞、先天性肾上腺发育不良、甘油激酶缺乏症等, 这与 2 例患儿的临床表型相符,确诊为 Xp21 邻近 基因缺失综合征[21]。

     Xp21 邻近基因缺失综合征,是 1 种少见的 X 连 锁隐性遗传性代谢缺陷病,90% 的患者为男性,涉 及 Xp21 区域不同大小的片段、跨越多个疾病基因 的缺失,包括甘油激酶缺乏症、先天性肾上腺皮质 功能不全、假性肥大型肌营养不良症等,但临床上 常被误诊为其中的1种疾病[22]。Xp21邻近基因缺 失综合征在临床上罕见,主要以临床诊断为主,无 针对性的检测方法。国内曾有采用荧光原位杂交 技术进行诊断的个例报道,但受检测方法所限不能 对基因缺失的范围进行精准分析[23]。本研究应用CMA 技术,明确患儿在 Xp21 区段缺失片段的大小 及断裂位点,使患儿能够明确诊断,同时对这 2 例 患儿的母亲也进行了 CMA 检测,母亲均为相应片 段的杂合缺失携带者,为患病家系提供了更加可靠 的遗传咨询及产前诊断依据


综上所述

DMD 基因突变是导致假性肥大型 肌营养不良症的主要原因,MLPA 技术作为 1 种高 通量、针对特定基因序列进行定性和半定量分析的 检测手段,是目前检测 DMD 基因外显子缺失和重复突变经济有效的方法,不仅能够明确先证者的基因突变类型,还能对女性家系成员进行 DMD 基因携带者的诊断,为产前诊断提供依据。高分辨的CMA 技术是检测全基因组范围内非平衡重排的重要手段,能够精确评估变异片段的大小和断裂位点,检测全基因组范围的拷贝数变异,有助于基因型与表型的关联分析。因此,规范、系统、高效的诊断技术对明确诊断假性肥大型肌营养不良症,并为患者及家属提供遗传咨询和产前诊断具有重要意义。


参考文献:略

本文编辑:江琪琪

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